被告證據不足的案子要怎麼處理

根據法律規定，在刑事訴訟中，公安機關偵查終結的案件，一律由人民檢察院審查決定是否起訴。人民檢察院審查案件，對於需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。補充偵查以二次為限。對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。如果被不起訴人在押，應當立即釋放。
【法律依據】
《刑事訴訟法》第一百六十二條，公安機關偵查終結的案件，應當做到犯罪事實清楚，證據確實、充分，並且寫出起訴意見書，連同案卷材料、證據一併移送同級人民檢察院審查決定;同時將案件移送情況告知犯罪嫌疑人及其辯護律師。
對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。
《刑事訴訟法》第一百七十八條，不起訴的決定，應當公開宣佈，並且將不起訴決定書送達被不起訴人和他的所在單位。如果被不起訴人在押，應當立即釋放。