總公司欠款不還分公司能還嗎

可以。
《最高人民法院關於人民法院執行工作若干問題的規定(試行)》
第七十八條規定：被執行人為企業法人的分支機構不能清償債務時，可以裁定企業法人為被執行人。企業法人直接經營管理的財產仍不能清償債務的，人民法院可以裁定執行該企業法人其他分支機構的財產。若必須執行已被承包或租賃的企業法人分支機構的財產時，對承包人或承租人投入及應得的收益應依法保護。