建築工程內部承包協議是否專屬管轄

是。《最高人民法院關於適用〈中華人民共和國民事訴訟法〉的解釋》第二十八條規定，民事訴訟法第三十三條第一項規定的不動產糾紛是指因不動產的權利確認、分割、相鄰關係等引起的物權糾紛。農村土地承包經營合同糾紛、房屋租賃合同糾紛、建設工程施工合同糾紛、政策性房屋買賣合同糾紛，按照不動產糾紛確定管轄。