被掛靠公司侵佔工程款怎麼辦

可以起訴。
侵佔罪是自訴案件，意思是必須要你自己到法院去起訴，如果你有證據，對方不但要歸還侵佔你的財產，還要賠償你的損失，還可以判處二年以下有期徒刑。
根據《中華人民共和國合夥企業法》中第二章第八條之規定：“設立合夥企業，應當具備下列條件：
(一)有二個以上合夥人，並且都是依法承擔無限責任者;
(二)有書面合夥協議;
(三)有各合夥人實際繳付的出資;
(四)有合夥企業的名稱;
(五)有經營場所和從事合夥經營的必要條件。”
第九條規定：“合夥人應當為具有完全民事行為能力的人。”
第十條規定：“法律、行政法規禁止從事營利性活動的人，不得成為合夥企業的合夥人。”
第十一條規定：“合夥人可以用貨幣、實物、土地使用權、知識產權或者其他財產權利出資;上述出資應當是合夥人的合法財產及財產權利。對貨幣以外的出資需要評估作價的，可以由全體合夥人協商確定，也可以由全體合夥人委託法定評估機構進行評估。經全體合夥人協商一致，合夥人也可以用勞務出資，其評估辦法由全體合夥人協商確定。”