加班三小時遲到二分鐘，會扣工資麼

1、這種情況應該要結合公司具體的規章制度倆判斷，綜合計算工時制度的加班費計算。
2、按照勞動部《關於企業實行不定時工作制和綜合計算工時工作制的審批辦法》和《關於職工工作時間有關問題的覆函》規定，經批准實行綜合計算工時工作制的企業，在綜合計算週期內的總實際工作時間不應超過總法定標準工作時間，超過部分應視為延長工作時間並按《勞動法》第44第1款的規定支付工資報酬，法定休假日安排勞動者工作的，按《勞動法》第44第3款的規定支付工資報酬。而且，延長工作時間的小時數平均每月不得超過36小時。