非法佔用農用地罪與非法批准徵用等罪的界限

本罪的行為人是明知自己佔用的是耕地，而且改作他用的行為違反土地管理法規，對於佔用耕地改作他用會造成大量耕地被毀壞的結果也是明知的。明知自己的行為會發生危害社會的結果，仍然希望或者放任結果的發生。

與非法批准徵用等罪的界限

非法佔用農用地罪、佔用土地罪和非法低價出讓國有土地使用權罪的界限：

此三罪相同之處都是與土地資源有關;並且在主觀方面均表現為故意。

不同之處表現為：

(1)侵害的客體不同。非法佔用耕地罪的客體是對耕地的法律保護制度;而非法批准徵用、佔用土地罪和非法低價出讓國有土地使用權罪所侵害的客體均為國家機關工作人員職務行為的廉潔性和正當性。

(2)客觀方面不同。非法佔用耕地罪在客觀上表現為違反土地管理法規，非法佔用耕地改作他用，數量較大，造成耕地大量毀壞的行為，而非法批准徵用、佔用土地罪和非法低價出讓國有土地使用權罪在客觀上都表現為徇私舞弊，違反土地管理法規，濫用職權。通常表現為弄虛作假，欺上瞞下，掩蓋事實真相;或違反《土地管理法》等有關土地管理法規中關於批准徵用、佔用土地以及出讓土地使用權的規定，不正確地行使批准徵用、佔用土地或者出讓國有土地使用權的職權。

(3)主體不同。非法佔用耕地罪的主體是一般生體，而非法批准徵用、佔用土地罪和非法低價出讓國有土地使用權罪的主體是特殊主體，即國家機關工作人員。