代為償還土地出讓款的還款協議是否有效

要看第三人是否取得債務人的授權。如已取得債務人授權（需要書面授權），則該還款協議可視為債務人自己真實意志的表示，還款協議有效。如果還款協議中還規定第三人承擔債務人還款的擔保人，第三人在債務人不能還款的情況下，由第三人承擔代償責任。
《土地管理法》第三十一條　縣級以上地方人民政府可以要求佔用耕地的單位將所佔用耕地耕作層的土壤用於新開墾耕地、劣質地或者其他耕地的土壤改良。