間諜組織和間諜組織代理人由什麼部門確認

國家安全機關是反間諜工作的主管機關，所以間諜組織和間諜組織代理人由國家安全機關確認。
《中華人民共和國反間諜法》第三條
國家安全機關是反間諜工作的主管機關。
公安、保密行政管理等其他有關部門和軍隊有關部門按照職責分工，密切配合，加強協調，依法做好有關工作。
《中華人民共和國反間諜法》第三十八條
本法所稱間諜行為，是指下列行為：
(一)間諜組織及其代理人實施或者指使、資助他人實施，或者境內外機構、組織、個人與其相勾結實施的危害中華人民共和國國家安全的活動;
(二)參加間諜組織或者接受間諜組織及其代理人的任務的;
(三)間諜組織及其代理人以外的其他境外機構、組織、個人實施或者指使、資助他人實施，或者境內機構、組織、個人與其相勾結實施的竊取、刺探、收買或者非法提供國家祕密或者情報，或者策動、引誘、收買國家工作人員叛變的活動;
(四)為敵人指示攻擊目標的;
(五)進行其他間諜活動的。