法院決定逮捕後，被告人自動投案能否認定自首

不能。自動投案是指犯罪事實或者犯罪嫌疑人未被司法機關發覺，或雖被發覺，但犯罪嫌疑人尚未受到訊問，未被採取強制措施時，主動、直接向公安機關、人民檢察院或人民法院投案。
《刑事訴訟法》第75條人民檢察院、公安機關已對犯罪嫌疑人取保候審、監視居住，案件起訴到法院後，人民法院對於符合取保候審、監視居住條件的，應當依法對被告人重新辦理取保候審、監視居住手續。取保候審、監視居住的期限重新計算。