建設工程合同糾紛能否適用仲裁

要看是否達成仲裁協議。建設工程合同本質上仍屬於平等主體之間通過合意締結的以財產利益為內容的權利義務關係，根據仲裁法的規定，可以通過雙方約定的方式達成仲裁條款，在發生合同糾紛的時候申請仲裁。
中華人民共和國仲裁法第二條【積極適用範圍】
平等主體的公民、法人和其他組織之間發生的合同糾紛和其他財產權益糾紛，可以仲裁。
第三條【消極適用範圍】
下列糾紛不能仲裁:
（一）婚姻、收養、監護、扶養、繼承糾紛；
（二）依法應當由行政機關處理的行政爭議。