貨物在運輸過程中毀損如何認定責任主體

視具體情況而定。如果出賣人按照約定將標的物運送至買受人指定地點並交付給承運人後，標的物毀損、滅失的風險由買受人承擔，貨物在運輸過程中毀損責任主體就是買受人。
《中華人民共和國民法典》第八百三十二條承運人對運輸過程中貨物的毀損、滅失承擔賠償責任。但是，承運人證明貨物的毀損、滅失是因不可抗力、貨物本身的自然性質或者合理損耗以及託運人、收貨人的過錯造成的，不承擔賠償責任。
第八百三十四條兩個以上承運人以同一運輸方式聯運的，與託運人訂立合同的承運人應當對全程運輸承擔責任;損失發生在一個運輸區段的，與託運人訂立合同的承運人和該區段的承運人承擔連帶責任。