小產權房購房協議丟失怎麼辦

處理方法是：
一、在購房合同沒有做預售登記前，遺失合同，只需將剩餘的合同作廢，和開發商再次簽訂一份合同。
二、在購房合同做完預售登記，遺失合同，可以在報紙上刊登表明合同作廢，到三個月期滿後，拿着報紙去做預售登記的機關申請註銷所簽訂的合同，再與開發商簽訂一份合同。
《民法典》第二百零九條 不動產物權的設立、變更、轉讓和消滅，經依法登記，發生效力；未經登記，不發生效力，但是法律另有規定的除外。
依法屬於國家所有的自然資源，所有權可以不登記。