專利合同存在糾紛如何處理

協商、訴訟。
1、協商解決。協商解決是指發生侵權案件以後,雙方當事人直接進行磋商,以達成解決爭議辦法的處理方式。
2、向人民法院起訴。被侵權人認為他人侵犯其專利權，不願協商解決或者協商解決不成的，得以侵權人為被告，依照民事訴訟法的規定，提起民事訴訟。
3、行政處理。按照本條的規定，專利侵權糾紛的當事人如果不願直接向人民法院起訴，以"打官司"方式來解決爭議的，可以請求管理專利工作的部門處理。
4．行政調解。依照本條的規定，進行調解的機關，應是對專利侵權糾紛作出行政處理的同一個管理專利工作的部門。
法律依據：
《專利法》第六十條
未經專利權人許可，實施其專利，即侵犯其專利權，引起糾紛的，由當事人協商解決；不願協商或者協商不成的，專利權人或者利害關係人可以向人民法院起訴，也可以請求管理專利工作的部門處理。