如何處理專利合同糾紛

1、協商。
未經專利權人許可，實施其專利，即侵犯其專利權，引起糾紛的，由當事人協商解決。
2、請求專利管理部門處理。
專利糾紛當事人也可以請求管理專利工作的部門處理。專利管理機關，是指國務院有關主管部門或者地方人民政府設立的專利管理機關。國務院專利行政部門負責管理全國的專利工作;統一受理和審查專利申請，依法授予專利權。省、自治區、直轄市人民政府管理專利工作的部門負責本行政區域內的專利管理工作。
3、到法院提起訴訟。
專利糾紛當事人不願協商或者協商不成的，專利權人或者利害關係人可以向人民法院起訴專利權糾紛處理的注意事項
1、專利權糾紛可以調解
進行處理的管理專利工作的部門應當事人的請求，可以就侵犯專利權的賠償數額進行調解;調解不成的，當事人可以依照《中華人民共和國民事訴訟法》向人民法院起訴。
2、對專利管理部門的決定不服可以起訴
管理專利工作的部門可處理專利侵權糾紛，認定侵權行為成立的，可以責令侵權人立即停止侵權行為，當事人不服的，可以自收到處理通知之日起十五日內依照《中華人民共和國行政訴訟法》向人民法院起訴;侵權人期滿不起訴又不停止侵權行為的，管理專利工作的部門可以申請人民法院強制執行。
3、專利侵權糾紛中的證據問題
無論是人民法院還是管理專利工作的部門在處理專利侵權糾紛時，均要求有關人員和單位提供有關證據。
專利法規定，對於涉及新產品製造方法的發明專利的，製造同樣產品的單位或者個人應當提供其產品製造方法不同於專利方法的證明，即被訴侵權人承擔舉證責任;涉及實用新型專利的，人民法院或者管理專利工作的部門可以要求專利權人出具由國務院專利行政部門作出的檢索報告，以方便對是否侵權作出判斷，準確及時地處理糾紛。
4、損害賠償金額的計算方法
(1)以專利權人因侵權所受到的損失或以侵權人因侵權所獲得的利益確定賠償額;
權利人因被侵權所受到的損失可以根據專利權人的專利產品因侵權所造成銷售量減少的總數乘以每件專利產品的合理利潤所得之積計算。
權利人銷售量減少的總數難以確定的，侵權產品在市場上銷售的總數乘以每件專利產品的合理利潤所得之積可以視為權利人因被侵權所受到的損失。
侵權人因侵權所獲得的利益可以根據該侵權產品在市場上銷售的總數乘以每件侵權產品的合理利潤所得之積計算。侵權人因侵權所獲得的利益一般按照侵權人的營業利潤計算，對於完全以侵權為業的侵權人，可以按照銷售利潤計算。
(2)被侵權人的損失或者侵權人獲得的利益難以確定，且有專利許可使用費可以參照是，參照專利許可使用費的1至3倍合理確定賠償數額。
(3)被侵權人的損失或者侵權人獲得的利益難以確定，且沒有專利許可使用費可以參照或者專利許可使用費明顯不合理時，根據專利權的類別、侵權人侵權的性質和情節等因素，一般在人民幣5000元以上30萬元以下確定賠償數額，最多不得超過人民幣50萬元。
引用法條
1、《中華人民共和國專利法》第六十條
2、《中華人民共和國專利法》第六十五條