要如何處理施工單位的工程索賠糾紛

1、要及時發現索賠機會；
2、籤商好合同協議；
3、對口頭變更指令要得到確認；
4、及時發出索賠通知書；
5、索賠事件論證要充足；
6、索賠計算方法和款額要適當。
【法律依據】《民法典》第八百零三條，發包人未按照約定的時間和要求提供原材料、設備、場地、資金、技術資料的，承包人可以順延工程日期，並有權請求賠償停工、窩工等損失。