工程合同糾紛案件拖欠工程款要如何處理

當發生建設工程款支付糾紛，當事人可以去工程所在地或被告所在地人民法院起訴，管轄法院應該是區或者縣人民法院，只要將起訴書提交人民法院，人民法院立案受理了，起訴程序就完成了。拖欠工程款屬於民事糾紛，清欠辦只負責農民工工資，所以應該在應付工程款之日起三年內到法院起訴。
【法律依據】《民法典》第一百八十八條，向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為三年。法律另有規定的，依照其規定。訴訟時效期間自權利人知道或者應當知道權利受到損害以及義務人之日起計算。法律另有規定的，依照其規定。但是，自權利受到損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護，有特殊情況的，人民法院可以根據權利人的申請決定延長。