租賃房屋有一部分違建合同有效嗎

是無效。但是要注意的是，房主在一審法庭辯論終結前取得建設工程規劃許可證或者經主管部門批准建設的，此時的房屋不再是違章建築，房屋租賃合同有效。法律規定，出租人就未取得建設工程規劃許可證或者未按照建設工程規劃許可證的規定建設的房屋，與承租人簽訂的承租合同無效。
法律依據：
《最高人民法院關於審理城鎮房屋租賃合同糾紛案件具體應用法律若干問題的解釋》第二條
出租人就未取得建設工程規劃許可證的規定建設的房屋，與承租人訂立的租賃合同無效。但在一審法庭辯論終結前取得建設工程規劃許可證或經主管部門批准建設的，人民法院應當認定有效。因此，如果最後判定房屋屬違章建築物，則對此訂立的租賃合同無效。