與總公司簽訂勞動合同，在分公司工作

新員工入職到新的單位時候，需要簽訂勞動合同，勞動合同簽了才保障自己的勞動關係的合法性，要是自己沒有簽訂勞動合同，自己的權益就可能會受到公司的侵犯。《勞動合同法》中規定，當事人訂立和變更勞動合同，應當遵循平等自願、協商一致的原則，不得違反法律、行政法規的規定。勞動合同依法訂立即具有法律約束力，當事人必須履行勞動合同規定的義務。

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分公司員工與總公司簽訂勞動合同怎麼處理？

分公司沒有法人主體資格，不可籤勞動合同。你説的是子公司吧。
同子公司籤勞動合同，應當先解除同總公司的勞動合同，並按勞動合同法第四十七條支付經濟補償。在總公司的工作年限和勞動合同簽訂次數不能在子公司計算。
如果是全資子公司，由總公司和子公司聯合發個通知：總公司籤的勞動合同繼續履行，總公司簽訂的勞動合同次數可同子公司累加，總公司的工作年限可計算為子公司的連續工作年限，可以不支付補償金。