總公司可以直接註銷分公司嗎

可以。總公司可以辦理分公司註銷手續，要交兩個文件：一是總公司關於註銷分公司的會議決議的文件，二是財務報表，顯示分公司已經清理完畢債權債務，註銷完畢以後，工商局會叫你上交公章，法人章，財務專用章。
《中華人民共和國公司登記管理條例》第四十四條規定公司撤銷分公司的，應當自撤銷決定作出之日起30日內向該分公司的公司登記機關申請註銷登記。申請註銷登記應當提交公司法定代表人簽署的註銷登記申請書和分公司的《營業執照》。公司登記機關核准註銷登記後，應當收繳分公司的《營業執照》。