合夥協議和公司章程起衝突時該如何適用

先有合夥協議，再有公司章程。公司章程是有備案的，在工商局可以對外查詢。而合夥協議是內部協議，不可對外披露。合夥協議和公司章程起衝突的解決辦法是：
(一)如果合夥協議在前面，公司章程在後面，毋庸置疑，後面的肯定優先於前面的，因為有登記的協議的效力肯定優於沒有登記的，有備案的優先使用。
(二)如果公司章程已經交上去了，後來又做了一個合夥協議，這種情況下按照生效時間前後來解決。
【法律依據】
《合夥企業法》第四條規定，合夥協議依法由全體合夥人協商一致、以書面形式訂立。