有結婚證但沒檔案是不是合法夫妻

1、算的，但是沒有檔案，夫妻雙方只能持有效證件到現在的户口所在地辦理補辦結婚登記。
2、法律依據
《婚姻登記條例》第十七條規定 “結婚證、離婚證遺失或者損毀的，當事人可以持户口簿、身份證向原辦理婚姻登記的機關或者一方當事人常住户口所在地的婚姻登記機關申請補領。婚姻登記機關對當事人的婚姻登記檔案進行查證，確認屬實的，應當為當事人補發結婚證、離婚證。”