轉賬憑證過三年還能起訴嗎

可以的。但債權人在三年內不向法院起訴，則可能面臨超過訴訟時效敗訴的風險，這三年未主張權利的，喪失訴訟勝訴權。假如時效過了，對方認可該筆債務且同意履行的，視為對原債權債務的重新認可，仍可起訴要回。
《民法典》第一百八十八條 向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為三年。法律另有規定的，依照其規定。
訴訟時效期間自權利人知道或者應當知道權利受到損害以及義務人之日起計算。法律另有規定的，依照其規定。但是，自權利受到損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護，有特殊情況的，人民法院可以根據權利人的申請決定延長。