車牌被別人惡意塗改被查怎麼辦

根據我國道路交通安全法以及與其相關聯的相關法律法規規定，車牌被他人惡意塗改，遭到檢查處罰人員發現後，車主應當承擔相應責任，接受相應處罰。車主不能以不知情、不是故意或者不是自己塗改爲由辯解，責任仍有自己承擔。
《中華人民共和國道路交通安全法》
第九十條機動車駕駛人違反道路交通安全法律、法規關於道路通行規定的，處警告或者二十元以上二百元以下罰款。本法另有規定的，依照規定處罰。
第九十五條上道路行駛的機動車未懸掛機動車號牌，未放置檢驗合格標誌、保險標誌，或者未隨車攜帶行駛證、駕駛證的，公安機關交通管理部門應當扣留機動車，通知當事人提供相應的牌證、標誌或者補辦相應手續，並可以依照本法第九十條的規定予以處罰。當事人提供相應的牌證、標誌或者補辦相應手續的，應當及時退還機動車。故意遮擋、污損或者不按規定安裝機動車號牌的，依照本法第九十條的規定予以處罰。