簽了宅基地使用權協議三年了是不是過了訴訟時效

不是的。　
宅基地使用權屬於物權的一種，訴訟時效一般適用於債權，理論及司法實踐上，普遍認為對物權不適用訴訟時效的規定。宅基地侵權屬於侵犯物權的行為，應該不受訴訟時效的限制，不存在超過訴訟時效的問題。受害方可以隨時向人民法院提起訴訟，但時間拖得越久，能蒐集到的對自己有利的證據也就越少，因此，在當人發現自己的權益受損後，一般都會及時運用法律武器保護自己的合法權益的。
根據《民事訴訟法》第一百三十五條規定，向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為二年，法律另有規定的除外。
第一百三十七條規定，訴訟時效期間從知道或者應當知道權利被侵害時起計算。但是，從權利被侵害之日起超過二十年的，人民法院不予保護。有特殊情況的，人民法院可以延長訴訟時效期間。
第一百三十八條規定，超過訴訟時效期間，當事人自願履行的，不受訴訟時效限制。
第一百三十九條規定，在訴訟時效期間的最後六個月內，因不可抗力或者其他障礙不能行使請求權的，訴訟時效中止。從中止時效的原因消除之日起，訴訟時效期間繼續計算。
第一百四十條規定，訴訟時效因提起訴訟、當事人一方提出要求或者同意履行義務而中斷。從中斷時起，訴訟時效期間重新計算。
第一百四十一條規定，法律對訴訟時效另有規定的，依照法律規定。