工程合同無效的損失無法確定的如何處理

根據《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋（二）》第三條的規定，建設工程施工合同無效，一方當事人請求對方賠償損失的，應當就對方過錯、損失大小、過錯與損失之間的因果關係承擔舉證責任。
損失大小無法確定，一方當事人請求參照合同約定的質量標準、建設工期、工程價款支付時間等內容確定損失大小的，人民法院可以結合雙方過錯程度、過錯與損失之間的因果關係等因素作出裁判。