分公司應該如何納税

視具體情況而定。如果分公司辦理了税務登記，則其為獨立的增值税納税人，應單獨申報繳納增值税。如果經國務院財政、税務主管部門或者其授權的財政、税務機關批准，未辦理税務登記，則由總機構彙總繳納增值税。
《中華人民共和國增值税暫行條例》第二十二條增值税納税地點：
（一）固定業户應當向其機構所在地的主管税務機關申報納税。總機構和分支機構不在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管税務機關申報納税；經國務院財政、税務主管部門或者其授權的財政、税務機關批准，可以由總機構彙總向總機構所在地的主管税務機關申報納税。
（二）固定業户到外縣（市）銷售貨物或者勞務，應當向其機構所在地的主管税務機關報告外出經營事項，並向其機構所在地的主管税務機關申報納税；未報告的，應當向銷售地或者勞務發生地的主管税務機關申報納税；未向銷售地或者勞務發生地的主管税務機關申報納税的，由其機構所在地的主管税務機關補徵税款。
（三）非固定業户銷售貨物或者勞務，應當向銷售地或者勞務發生地的主管税務機關申報納税；未向銷售地或者勞務發生地的主管税務機關申報納税的，由其機構所在地或者居住地的主管税務機關補徵税款。
（四）進口貨物，應當向報關地海關申報納税。扣繳義務人應當向其機構所在地或者居住地的主管税務機關申報繳納其扣繳的税款。