商業貸款轉公積金貸款要把利息付清嗎

是的。
商轉公貸款的“先還後貸”方式是指經中心審核同意，借款人自籌資金將原商貸還清（還清所有本息）並解除抵押後，將用於原商貸抵押的房屋（以下簡稱原抵押房屋）用於商轉公貸款抵押擔保，經中心審批同意後發放個人住房公積金貸款。
《住房公積金管理條例》第六條
住房公積金的存、貸利率由中國人民銀行提出，經徵求國務院建設行政主管部門的意見後，報國務院批准。