如何約定協議糾紛管轄

在協議中約定。
協議糾紛的管轄地的約定在不違反法院級別管轄和專屬管轄的情況下可以在書面協議中協議選擇，比如被告住所地、協議履行地、協議簽訂地、原告住所地、標的物所在地人民法院管轄。
因協議糾紛提起的訴訟，由被告住所地或者協議履行地人民法院管轄。因協議糾紛提起的訴訟，當事人已經約定管轄的，以約定的為準。
法律依據：
《民事訴訟法》第二十三條
因合同糾紛提起的訴訟，由被告住所地或者合同履行地人民法院管轄。