兩個不一樣的户口會被查出來嗎

可以查出來，我國公民，一個人只能有一個户口。有兩個户口，應主動向公安機關報告，註銷其中的一個户口。否則有可能要承擔相應的法律責任，乃至刑事責任。
《中華人民共和國户口登記條例》
第六條公民應當在經常居住的地方登記為常住人口，一個公民只能在一個地方登記為常住人口。