企業合併協議是否應交印花税

應該交。書面訂立經濟活動和經濟交往相關的協議、合同及相關憑證，都應當繳納印花税。
《中華人民共和國印花税暫行條例》
第一條：在中華人民共和國境內書立、領受本條例所列舉憑證的單位和個人，都是印花税的納税義務人，應當按照本條例規定繳納印花税。
第二條：下列憑證為應納税憑證:
(一)購銷、加工承攬、建設工程承包、財產租賃、貨物運輸、倉儲保管、借款、財產保險、技術合同或者具有合同性質的憑證;
(二)產權轉移書據;
(三)營業賬簿;
(四)權利、許可證照;
(五)經財政部確定徵税的其他憑證。