年休假扣事假工资合理吗

不合理。
根据《职工带薪休假条例》第二条的规定，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。即：职工在休年休假期间的工资、津贴(不含中夜班津贴、保健津贴)、效益工资按正常出勤发放。