股權轉讓協議和工商登記不符怎麼辦

有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權，《股權轉讓協議書》系雙方當事人的真實意思表示，符合自願、公平的原則，且沒有違反法律和行政法規的強制性規定以及公司章程的規定，公司股東對此亦表示一致同意，該協議自簽訂之日起成立並生效。此外，雖然股東轉讓出資要進行股東變更登記，但對於股權轉讓協議，法律並無必須登記才生效的規定，且股東變更登記是對股東變更的公示方式，未辦理登記只是使得該股權轉讓行為原則上對公司以外不產生法律效力，而並不影響股權轉讓協議本身的效力，該協議對股權轉讓各方仍具有法律效力。
所以股權轉讓協議和工商登記不符並不影響兩者的效力。若工商管理機關不予辦理變更登記手續可以有以下幾個處理辦法：
(一)受讓股東可以向人民法院提起訴訟，要求確認股權轉讓協議有效，並強制轉讓，由工商管理機關依據生效判決變更股權登記。
(二)受讓股東也可依據股權轉讓協議及其他變更文件，提起行政訴訟，起訴工商管理機關履行變更登記的職責。
法律依據：
《中華人民共和國公司法》第七十一條
有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答覆的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權;不購買的，視為同意轉讓。經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例;協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定。